에센셜 오일은 햇빛, 열, 습도, 금속 등의 영향을 받으면 향과 색이 변질되기 쉬우므로 보관하는 데에도 주의가 필요하다.

1. 열 빛 등으로부터 차단하기 위해 갈색, 녹색, 파란색 등의 차광기능이 있는 유리병에 보관해야한다.
2. 직사광선을 피해 통풍이 잘 되는 어둡고 차며 건조한 곳에 오일 병을 세워 보관한다.
3. 어린이의 손이 닿지 않는 곳에 보관한다.
4. 에센셜 오일은 휘발성이 높고 공기와 접촉하면 산화하여 변질되기 쉬우므로 사용한 후에는 뚜껑을 잘 닫아둔다.
5. 습기가 많은 곳에는 오일을 보관하지 않도록 한다.
6. 에센셜 오일의 보존 기간은 오일에 따라 차이가 있지만 대체로 개봉하지 않은 상태에서 2년, 개봉한 후에는 1년 정도가 적당하다.  그러나 시트러스계열(감귤계)은 개봉 후 6개월 이내에 사용하는 것이 좋다.